Αρμόδια όργανα για τη λειτουργία του Π.Μ.Σ. σύμφωνα με το νόμο 4957/2022 είναι:
Σε επίπεδο Ιδρύματος αρμόδια όργανα είναι η Επιτροπή Μεταπτυχιακών Σπουδών και η Σύγκλητος.
Σε επίπεδο Τμήματος αρμόδια όργανα για το Π.Μ.Σ. είναι:
Η λειτουργία του ΠΜΣ υποστηρίζεται διοικητικά από τη Γραμματεία του ΠΜΣ.